Le comportement de flex (ou de grille) a fait l'objet d'un long (très long) débat.
Cela aboutit a la rédaction d'une spécification. Chaque navigateur doit suivre la norme.
Voici un dessin résumant la situation pour les alignements.
http://dupontcss.blogspot.com/2017/01/css-box-alignment.html
